O Instituto iBiosfera realiza diversos tipos de convênios e parcerias com Universidades de todo o Brasil e do exterior.
As ações conjuntas podem ocorrer através da realização de projetos específicos, ou através do apoio ao corpo de mestres para projetos de iniciação científica, mestrado ou doutorado in situ, onde o Instituto iBiosfera coloca a disposição das Universidades toda sua infra-estrutura e seus projetos.