Para se organizar, o iBiosfera conta com uma grande estrutura operacional e para tanto procura buscar modelos sociais de organização, diferentes dos órgãos governamentais e empresas privadas.

Existem as seguintes divisões na ONG: Assembléia Geral, Conselho Fiscal, Secretaria Executiva, Diretorias e Comissões.

A Assembléia Geral é a reunião de todos os associados da ONG. Nela são discutidas questões maiores do iBiosfera, como também é feita a aprovação de novos associados, como também a remoção de associados antigos inativos.

O Conselho Fiscal é composto por associados que tem a função de monitorar a administração geral da ONG, para verificar os rumos que são definidos.

Na Secretaria Executiva estão os associados que são eleitos por dois anos para exercerem a administração geral da ONG.

As Diretorias tem funções específicas e são criadas ou extintas pela Secretaria Executiva.

Nas Comissões é realizada a execução dos projetos, eventos e demais atividades da ONG. É onde estão todos os voluntários ativistas da ONG, sob coordenação de associados.